“Stilno neenotna in skorajda asketska zunanjost cerkve preseneti s svojo bogato notranjščino in izjemno kvalitetno notranjo opremo. Cerkev se ponaša s kar petimi oltarji s časovnim razponom njihovega nastanka od 17. do konca 18. stoletja.” Razlaga Simona Javornik v prispevku sakralna arhitektura pri nas.
Vsi oltarji, prižnica in križev pot so bili obnovljeni na pobudo mladih župnije Kotlje. Med leti 2002 in 2014 so vodili in izpeljali projekt “Dar za dar“, ki je bil s strani Mladinskega sveta Slovenije (MSS) imenovan za najboljši slovenski projekt leta 2013. Projekta se je prijel tudi naziv “čudež pod Uršljo goro”. Povezal je 307 krajanov in prebudil mladino, ki je še danes aktivna v kraju, celotni koroški regiji in tudi izven meja naše domovine.
O tem, kdaj je bila župnijska cerkev v Kotljah posvečena sv. Marjeti, kronike molčijo. Prezbiterij je eden najstarejših delov svetišča in le sklepamo lahko, da je bil oltar sv. Marjete postavljen nekje v sredini 18. stoletja. Kronike omenjajo vizitacijo leta 1756, ko je prvič imenovan oltar sv. Marjete.
Poleg mogočnega kipa mučenke in svetnice Marjete Antiohijske v središču oltarja obiskovalec hitro opazi še kipa diakonov sv. Lovrenca in Štefana levo in desno od zavetnice župnije. Vsi trije svetniki so umrli mučeniške smrti. Torej lahko mirno rečemo, da je glavni oltar »mučeniški« oltar. Iz istega razloga so se župljani ob obnovi tlaka v cerkvi odločili, da mora ta poleg bele barve biti tudi rdeč, ki se v cerkvenem bogoslužju uporablja tudi kot barva mučencev.
Zanimivo je, da je J.J. Mersi v atiki upodobil sv. Jožefa z Jezusom. Levo od njega je kip nadangela Mihaela, ki je premagal zmaja in desno kip nadangela Rafaela, angela varuha.
Poleg teh kipov je na oltarju upodobljenih veliko puttov (angelskih glavic). Omenimo le angela adoranta, ki se nahajata levo in desno od vrat tabernaklja, kjer se hrani Najsvetejše. Oltar je bogat z okrasom, ki je prišel do izraza šele, ko je bil oltar restavriran in vrnjen na mesto, kjer danes veličastno napolnjuje prezbiterij.
Oltar svete Rešnje Krvi
Sredi 18. stoletja so župnijski cerkvi dogradili veliko južno kapelo in izdelavo oltarja zaupali takrat zelo priznanemu J.J. Mersiju. Oltar je teološko in vsebinsko zelo bogat ter velik ponos kraja. Umetnina J. J. Mersija iz 18. stoletja
V pozlačeni atiki oltarja se nahaja Bog Oče z zemeljsko kroglo v rokah, ki ga obdajajo angelci. Tik pod njim je upodobljen sv. Duh v podobi goloba. V središču oltarja pa je Kristus, ki mu iz peterih svetih ran teče kri, ki v vznožju napaja vernike in duše v vicah.
Poleg dveh velikih angelov v atiki in še dveh v središču oltarja, ki nosita podobo sv. Rešnje krvi, bogatita oltar še dva kipa, svetnikov in priprošnjikov kmetoviz 12. in 13. stoletja: sv. Izidor sejalec in sv. Notburga priprošnjica revežev.
Očem skrit in samo na veliki petek in soboto razkrit kip Križanega pa »leži« v grobu v vznožju oltarja. S tem dopolnjuje bogato vsebino oltarja, ki v celoti gledano prikazuje skrivnosti svetega velikonočnega tridnevja.
Ob obnovi oltarja leta 2007 je bila južna kapela obogatena še z dvema barvnima oknoma, ki obdajata oltar. Obiskovalec, ki se ustavi pred oltarjem, lahko tako pred seboj zagleda hrib Kalvarijo, ki jo upodabljajo trije križi: v sredini Kristus s križem na oltarju, levo in desno pa v »vitražih« križa dveh razbojnikov, ki sta bila križana skupaj s Kristusom.
Stranski oltar sv. Florjana se nahaja v severni kapeli pod zvonikom. Predstavlja najstarejši oltar v sedanji cerkvi in izvira iz 16. stoletja.
Pred obnovo je bil oltar najbolj uničen del cerkvene opreme. Nekaj delov oltarja tudi manjka, kot npr. reliefa dveh kipcev na obeh oltarnih krilih. Ob restavraciji so se pokazali obrisi na mestih, kjer sta bila kipca nameščena. Ni znano, kateri podobi sta kipca predstavljala.
Poleg angelskih glavic in skromnega okrasa na stebrih in kulisi oltarja, je na njem upodobljena sveta Družina v apsidi in slika sv. Florjana v osrednjem delu oltarja. Omeniti velja, da je za sliko skrita oltarna niša, kjer je »stal« najstarejši kip v cerkvi – gotska plastika sv. Florjana. To znamenitost slovenskega pomena, neznanega avtorja iz 16. stoletja, danes hrani Narodna galerija v Ljubljani.
Oltar posvečen Mariji Božji materi
Stranski oltar posvečen Mariji devici Kraljici sestavljata še dva kipa: sv. Terezija in sv. Ana. Sliko Device Marije je za hotuljsko cerkev daroval ddr. Alojz Kuhar in prvotno ni bila sestavni del oltarja. Vrh oltarnih stebrov krasita dva baročna angelca (verjetno ohranjena od prvotnega oltarja), apsido pa zaključuje zlata Marijina krona.
Tudi ta oltar je 19. maja 1848 blagoslovil blaženi A.M. Slomšek, ko ga je kipar Franc Berneker iz Starega trga prenovil. 18. februarja 2004 so obnovljeni oltar vrnili, blagoslovil pa ga je na zahvalnem koncertu 23. oktobra takratni mariborski škof dr. Franc Kramberger. Oltarju je bil dodan še antipendij z reliefi sv. don Boska, zavetnika mladih in Dominika Savia, zavetnika ministrantov.
Oltar je 19. maja 1848 blagoslovil blaženi A.M. Slomšek. V arhivskih virih lahko zasledimo, da je leta 1896 dobil kipar iz Starega trga, Franc Berneker, naročilo, da prenovi stranske oltarje in prižnico v Kotljah. V cerkvi je delal že kot vajenec mojstra Oblaka. Po 155-letih, 18. maja 2003, pa je obnovljeni oltar blagoslovil takratni mariborski škof dr. Franc Kramberger.
Stranski oltar sv. Petra & Pavla sestavljajo štirje kipi: sv. Janez, sv. Jakob starejši, sv. Peter ter sv. Pavel. Kip Srca Jezusovega je bil dodan kasneje in prvotno ni bil sestavni del tega oltarja. Namesto kipa je bila na njegovem mestu slika Jezusa s trnjevo krono na glavi. Vrh oltarnih stebrov krasita dva baročna angelca (verjetno ohranjena od prvotnega oltarja), apsido pa na vrhu zaključuje zlata papeška krona.
Oltar stoji na oltarni mizi, ki je bila na novo oblečena v antipendij. Krasi jo relief blaženih A.M. Slomška in A. Kolpinga.
Prižnica je prvo in edino ohranjeno delo kiparja Bernekerja na Koroškem, kar priča umetnikov podpis odkrit ob restavraciji, “to delo pervo moje”. Figuralni okras zajema dva plitva reliefa angelov z atributi zadnje sodbe na zunanjem plašču čaše. Na hrbtišču prižnice je v visokem reliefu rezbarjena podoba dobrega pastirja, mladeniča z debelušnim licem in visokim čelom. Na baldahinu so personifikacije štirih poslednjih reči: smrti, sodbe, pekla in nebes.