Leta 2007 je župnija obhajala 640-obletnico prve omembe župnije v arhivskih virih. Vsaj v tednu, ko vsako leto obhajamo Kuharjeve dneve, smo se spomnili dogodka, ki je bil za takratne ljudi silnega pomena. Poglejmo si nekaj dejstev.
Leta 811 postane reka Drava meja med Oglejskim patriarhatom in Salzburško nadškofijo. Tudi naše kraje so oskrbovali misijonarji iz Ogleja. Takrat se po Slovenskem začnejo širiti t.i. pražupnije, ki so duhovno oskrbovale zelo široka in neobvladljiva področja. Okoli 850 je po prepričanju zgodovinarjev bila zidana prvotna cerkev v Šmartnem pri Slovenj Gradcu, kamor so dolga stoletja spadali tudi naši kraji. Razvoj krščanstva v prvi polovici 10. stoletja zmotijo Ogri, ki so preko slovenskih krajev vdirali proti Bavarski in za seboj puščali razdejanja. Ti vdori se končajo, ko Ogre premaga Oton I. (prvi nemški cesar) leta 955 na Bavarskem – Lechfeld. Takrat se šele lahko začne pravi razvoj krščanstva tudi na Slovenskem.
Leta 1106 se v dokumentih omenja pražupnija sv. Martina pri Slovenj Gradcu. Verniki iz Kotelj so morali tako k bogoslužju hoditi tudi 3 ali več ur daleč. Otroci so se lahko krščevali samo v Šmartnem, tam je bilo tudi pokopališče. Ni bil redek dogodek, da so umrlega pozimi zakopali v sneg in ko se je ta na pomlad odtajal, so ga odpeljali v Šmartno in tam pokopali. Zato je bilo nujno, da se v današnjih Kotljah zgradi cerkev.
V knjigi Hotuljska cerkev slavi (Raščan, 1992) beremo pismo, kjer patriarh oglejskega sedeža Marquard odgovarja župniku sv. Martina v slovenjegraški dolini na njegovo prošnjo o gradnji cerkve v Kotljah: »Ti, ki ljubiš lepoto božje hiše, si se vdano obrnil na nas in prosil za naš pristanek, ko si se odločil, da boš v kraju naše škofije, ki se imenuje Kotlje, zgradil cerkev v čast sv. Neže in svetih mučencev Primoža in Felicijana. Pri tem delu ti bo v pomoč tvoje podložno ljudstvo, ki prosi za posredovanje pri tem srečnem delu. … V smislu tega odloka podeljujemo tvoji vdanosti ustrezno pooblastilo, s tem pa nočemo razveljaviti nobenih pravic matere cerkve. … V Ogleju, 25. oktobra, v letu Gospodovem 1367.«
S tem odlokom so Kotlje dobile prvega kaplana, ki je lahko redno oskrboval vernike. Dovolili so postaviti kapelo-cerkev, ne pa tudi pokopališča in krstnega kamna, kar bi bil pogoj za ustanovitev župnije. Ostanki temeljev prvotne, romanske cerkve so se odkrili ob obnovi tlaka leta 2005. Kotlje so tako leta 1367 postale vikariat in ne župnija. Otroke so še vedno krstili in umrle pokopavali v Šmartnem.
Zgodovinski zapisi potem umolknejo. Kaj se je od ustanovitve vikariata pa do 18. stoletja dogajalo v Kotljah, lahko samo ugibamo. Znanih je samo nekaj zgodovinskih dejstev. Konec 15. in v začetku 16. stoletja, prihrumijo tudi na slovensko Turki. V Kotljah in okolici so iz teh časov ostale t.i. »turške šance« ali pa obzidje okoli današnje župnijske cerkve sv. Marjete. Naslednje dejstvo je, da je leta 1751 ukinjen Oglejski patriarhat. Od takrat oskrbuje Kotlje goriški nadškof. Iz vizitacije goriškega nadškofa Atemsa lahko preberemo nekaj zanimivih podatkov: »28. junija 1756 je bila vizitirana župnijska cerkev sv. Marjete, device in mučenke. Je posvečena, skupaj z velikim oltarjem sv. Marjete, na katerem je manjkal povoščeni prt. Drugi oltar je sv. Petra in Pavla, tretji sv. Florjana, četrti blažene Device Marije in peti presvetega Kristusovega telesa. Nekatere antipendije je treba popraviti ali z novimi nadomestiti: tudi je treba na pokopališču zgraditi kostnico. … pri krstilniku je treba postaviti kip sv. Janeza Krstnika.«
Iz tega spisa bode v oči omemba pokopališča in krstnega kamna. Torej so Kotlje takrat že bile župnija. Vendar kdaj je nastala? Profesor Cerkvene zgodovine na teološki fakulteti dr. Benedik pravi, da je mnogo vikariatov postalo župnija zaradi potrebe (krst, pogreb, oskrbe), »via facti«. Pravzaprav v veliko primerih sploh niso bile izdane ustanovne listine. Isto se je zgodilo z župnijo Kotlje. Samo sklepamo lahko o približnem nastanku. Gotovo pa zaradi vseh naštetih dejstev Kotlje postanejo župnija zelo kmalu po ustanovitvi vikariata leta 1367. Ali ni morda tudi obzidje okoli župnijske cerkve in pokopališča, ki so ga v času turških vpadov najverjetneje zvišali dokaz, da je že bila v Kotljah župnija veliko pred turškimi vpadi v 15. stoletju?
Torej prvotna cerkev ni bila posvečena sv. Marjeti, ampak zgoraj omenjenim svetnikom. Razlog za spremembo zavetnikov cerkve v Kotljah in čas, kdaj so zamenjali zavetnika, nista znana. Verjetno to sovpada v čas širitve cerkve ali »neuradne« razglasitve župnije.
V 1780-ih dodelijo Kotlje pod upravo Lavantinske škofije. V omenjeni knjigi, ki je bila posvečena dr. Alojzu Kuharju v spomin, naletimo tudi na opis obsega takratne hotuljske župnije: »V začetku je župnija Kotlje obsegala vse ozemlje, ki danes sestavlja hotuljsko župnijo: Kotlje, Brdinje in Podgora v celoti, Uršlja gora, Podkraj in Preški vrh pa delno. Tudi celotna današnja selska župnija je spadala pod Kotlje do jožefinskih reform leta 1787, ko je bila ustanovljena nova župnija na Selah. Prav tako so današnje Dobrije, Koroški Selovec in Tolsti vrh pripadali hotuljski župniji vse do ustanovitve župnije sv. Egidija v Guštanju leta 1861.«
V istem vizitacijskem zapisniku lahko tudi preberemo: »Župnija ima 1717 duš, velikonočnega obhajila zmožnih je 1518, nezmožnih 199. Vsi so spovedani. V enem letu krščenih 40 zakonskih, razen enega nezakonskega, sokrivca kaznovana na prangerju. Nihče ni umrl brez krsta. Poročilo se je 11 parov.« Do leta 1751 tudi niso ohranjena imena hotuljskih župnikov. Do danes se je od takrat zvrstilo okoli 20 župnikov, ki so tudi imensko poznani.
Kot vsak kraj, imajo tudi Kotlje svojo bolj ali manj bogato preteklost. Med zgodovinska dejstva se vrivajo pripovedi in izročila, ki naredijo preteklost toliko bolj zanimivo. Prav je, da poskrbimo, da se ne bi izgubilo še tisto malo dokazov, ki so se ohranili, pa naj bodo to zapisi ali samo na videz goli zidovi in leseni objekti, iz katerih lahko strokovnjaki veliko razberejo. Mladi župnije Kotlje se tega močno zavedamo, saj smo s projektom »Dar za dar« v 12 letih obnovili vseh 5 oltarjev, prižnico in križev pot. Hvaležni smo vsem, ki so nas pri tem podpirali. Še zlasti dobremu Bogu, ki je obilno trosil blagoslova nad Kotlje.